رغم فوائدها في السيطرة على الأمراض المختلفة إلا أن تناول المضادات الحيوية بشكل مستمر يسبب الكثير من المتاعب للجسم، وذلك لأن كثرة المضادات الحيوية تعتبر من أهم أسباب القضاء على البكتيريا والميكروبات المعوية المفيدة، في حين تتسبب في زيادة نشاط الميكروبات الضارة داخل الأمعاء، مما يؤدي لارتباك المعدة ويصعب عملية الهضم. وفي حالة ظهور تلك المشكلة يفضل تناول زبادي الصويا الذي يحتوي على بكتيريا الأسيدوفيلس المفيدة والنافعة للجهاز الهضمي، حيث أن تلك الأنواع من البكتيريا تعمل على استعادة النبيت الجرثومي الصحي داخل الأمعاء، كما يجب أن يتم اتباع نظام غذائي مُعزز للطاقة، أو نظام غذائي منظف للكبد لمدة ثمانية أسابيع كاملة بعد الإصابة لتجنب تكرار تلك المشكلة مرة أخرى. كما يجب الاهتمام بتجنب الأطعمة المكونة للمُخاط مثل: منتجات الألبان والسمن والأطعمة المعالجة والأطعمة المقلية في الزيت، حيث أن الإفراط في تكوين المخاط داخل الجسم يؤدي إلى التعرض لزيادة نشاط البكتيريا الضارة وظهور نفس المشكلة مرة أخرى، هذا مع التأكد من تناول كميات كبيرة من الخضروات والفواكه الطازجة، حيث تعتبر الفواكه الحمضية مثل البرتقال هي الأكثر نفعاً في هذه الحالة.